Lilo Kunkel (* 1975 in Karlstadt) ist eine deutsche Organistin und Musikwissenschaftlerin.
Lilo Kunkel studierte Kirchenmusik (A) und Musiktheorie bei Zsolt Gárdonyi und Hermann Beyer an der Hochschule für Musik Würzburg. 2003 promovierte sie bei Ulrich Konrad über die Klavierlieder von Max Reger.
Sie lehrt als hauptamtliche Dozentin für Musiktheorie an der Würzburger Musikhochschule.