Ulrich Mahlert studierte Klavier, Musikwissenschaft und Germanistik in Freiburg im Breisgau. Nach seinem Abschluss arbeitete er u. a. als Klavierdozent an der Musikhochschule Freiburg, als Redakteur beim Südwestfunk Baden-Baden und als Wissenschaftlicher Mitarbeiter für Musiktheorie an der Universität Hannover.
Seit 1984 lehrt Ulrich Mahlert als Professor für Musikpädagogik an der Universität der Künste Berlin und leitete bis zum Ende seiner offiziellen Dienstzeit 2016 den Studiengang Künstlerisch-Pädagogische Ausbildung. Weiterhin betreut er Doktorandinnen und Doktoranden. Ab dem Wintersemester 2017/18 lehrt er am Zentralinstitut für Weiterbildung (ZIW) des Berlin Career College der UdK Berlin in der Reihe Musik für Laien und Liebhaber. 2008 wurde er zum Honorarprofessor an der Qiongzhou University in Sanya (Hainan/China) ernannt. Ulrich Mahlert ist als Gastdozent an verschiedenen Musikhochschulen, als Fortbilder an Musikschulen und in musikpädagogischen Verbänden tätig.
Seine Arbeitsgebiete sind: Musik und Musikpädagogik des 18. bis 21. Jahrhunderts, Instrumentaldidaktik, Aspekte musikalischer Bildung, Robert Schumann, musikalische Glücksforschung.
Ulrich Mahlert ist Mitbegründer und Mitherausgeber der Zeitschrift Üben & Musizieren (Schott) und veröffentlichte zahlreiche Schriften und Editionen. Zuletzt erschienen: Wege zum Musizieren. Methoden im Instrumental- und Vokalunterricht (2011), zwei Bände innerhalb der Gesamtausgabe der Schriften von Leo Kestenberg (Texte aus der Berliner Zeit, 2012 und Texte aus der Prager und Tel Aviver Zeit, 2013).