Michael Werner stammt aus einer Musikerfamilie und wurde 1977 in Gera geboren.
Nach dem ersten Trompetenunterricht bei Heinrich Dreyhaupt und seinem Vater Lothar Werner, besuchte er das Musikgymnasium Schloss Belvedere in Weimar und erhielt dort Trompetenunterricht von Prof. Harry Haustein und Zsolt Nagy-Major sowie Kammermusikunterricht bei Prof. Walter Hilgers. Dem Abitur folgte ein Musikstudium an der Hochschule für Musik und Theater München mit dem Hauptfach Trompete bei Prof. Hannes Läubin, Prof. Klaus Schuhwerk, Thomas Kiechle und Methodik Didaktik bei Klaus-Dieter Engel.
Schon während der Schulzeit und des Studiums wirkte Michael Werner in zahlreichen Orchestern, wie z.B. an den Theatern Gera, Erfurt, Altenburg, Passau, sowie verschiedenen Jugendorchestern, wie z.B. Junge Münchner Philharmonie oder Junge Europäische Philharmonie mit. Das Hauptaugenmerk lag aber bereits damals schon auf einer soliden Ausbildung von Nachwuchstrompetern. So unterrichtete er von 1999 bis 2008 im Raum München an verschiedenen Musikschulen, bei Jugendblasorchestern sowie im freiberuflichen Bereich. Heute lebt Michael Werner als Musikpädagoge in Rostock und unterrichtet seit 2010 an der Regionalmusikschule Malchin e.V.
Auf der praktischen pädagogischen Erfahrung aufbauend schrieb er das Schulwerk Die fröhliche Trompete, das vor allem Kinder und Jugendliche mit Freude und Fantasie in das Trompetenspiel und die Welt der Musik einführen will.